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Análisis e identificación de genes expresados diferencialmente entre juveniles y adultos de la tortuga caguama (Caretta caretta) relacionados con hipoxia y sistema inmune: Primera aproximación

Resumen

Las diferentes condiciones que experimenta Caretta caretta durante su ciclo de vida, dada su longevidad y capacidad de migrar grandes distancias, se reflejan en cambios cuantitativos en la expresión de genes en los diferentes estadios, que pueden revelarse a través de análisis transcriptómico. Este estudio analiza la expresión diferencial de genes comparando transcriptomas de tortugas adultas y juveniles, enfocándose en genes relacionados con hipoxia y respuesta inmune. Se usaron secuencias de tortugas bajo cuidado profesional anidantes del Caribe colombiano, mapeadas y ensambladas empleando transcriptoma de referencia. Se cuantificó el nivel de expresión para el análisis diferencial y se realizó anotación funcional. Se identificaron 1.401 genes expresados diferencialmente (DEGs), con 507 sobre-expresados y 894 reprimidos en los adultos. Se anotaron funcionalmente ~40% de los DEGs, identificando 8.252 términos GO y 583 rutas KEGG, destacándose la respuesta inmunológica, el estrés oxidativo y el metabolismo de carbohidratos. En adultos, la tolerancia a hipoxia parece estar mediada por genes de respuesta al estrés oxidativo (CA3 y NKX3-1), mientras que en juveniles parece estar dada a genes de metabolismo de carbohidratos (ANGPTL4, HYI e IDH). Se observa una mayor expresión de respuesta inmunológica humoral en adultos (FAU, H2AJ y HA1F), y un mayor potencial de degradar compuestos xenobióticos en juveniles (CD69, CMBL y ETHE1). Las hipótesis planteadas basadas en la función y nivel de expresión de estos genes en cada estadio sobre las rutas metabólicas requieren investigación específica que considere variables no evaluadas en este estudio.

Palabras clave

hypoxia, immune system, transcriptomics, functional annotation, RNA-Seq