Durante un proceso de restauración de Pocillopora spp., usando corales de oportunidad (CO), fueron evaluados diversos atributos bióticos en dos sitios a lo largo de un año, de forma bimensual y determinadas las concentraciones de aminoácidos tipo micosporina (AAMs) y niveles de clorofila a (Cl a). De manera específica, en el último muestreo se realizó un análisis de malonaldehido (MDA) y se calcularon las relaciones ARN/ADN y proteína/ADN como indicadores de estrés oxidativo y actividad trascripcional en simbionte y cnidario de todos los morfotipos. En sitio Carrizales (SC) la técnica de restauración de ramilletes coralinos (RC) promovió la integración de COs registrando signos de recuperación y altas tasas de supervivencia (90%); no obstante, en el Sitio Juluapan (SJ), se observó una falta de respuesta a los indicadores bióticos y moleculares asociados a la recuperación. Por lo tanto, los CO provenientes de Carrizales no fueron capaces de aclimatarse a un sitio en el que imperan distintas condiciones ambientales. Altas concentraciones de Cl a, AAMs, y una alta relación ARN/ADN fueron características de una condición saludable de corales, que a su vez, estuvieron asociados a los indicadores de restauración y mejor supervivencia observada.