Se analizó la calidad de sedimentos de cuatro puertos chilenos con diferentes actividades de cabotaje, en función del contenido de materia orgánica (MOT), hidrocarburos aromáticos policíclicos (HAPs), metales traza (Cd, Pb y Cu) y toxicidad no específica. MOT se analizó por ignición, metales por polarografía, HAPs por GC-MS y la toxicidad no específica aplicando la técnica de fecundación (USEPA 1988). Los puertos de Iquique, San Vicente y Talcahuano presentaron sedimentos fangosos con alta concentración de MOT (ca. 12%). San Vicente presentó las mayores concentraciones de HAPs (18.930 µg kg-1 de benzo(b)fluoranteno; 10.820 µg kg-1 de benzo(a)antraceno y 8.550 µg kg-1 de benzo(a)pireno) e Iquique las mayores concentraciones de metales (20 µg g-1 Cd; 370 µg g-1 Pb and 514 µg g-1 Cu). Puerto Patache mostró sedimentos con arena fina, bajos contenidos de MOT, metales y HAPs. Los ensayos de toxicidad indicaron diferencias significativas respecto de los controles. El índice de contaminación urbana e industrial (ICUI) referido al contenido de metales, reveló como más contaminados a Iquique y Talcahuano; en cambio el índice de adición de HAPs a San Vicente (IA HAPs), al igual que la toxicidad. Se postula que sinergias entre los contaminantes, más que los contenidos de cada uno de ellos, serían los responsables de la toxicidad de los sedimentos.